Государственная программа направлена на улучшение здоровья населения и показателей деятельности организаций системы здравоохранения на основе постоянной модернизации технологической базы отрасли, развития медицинской науки и образования, улучшения кадрового состава, внедрения информационных технологий и современных стандартов управления.
Целями государственной программы являются обеспечение доступности медицинской помощи и повышение эффективности медицинских услуг, объёмы, виды и качество которых должны соответствовать уровню заболеваемости и потребностям населения, передовым достижениям медицинской науки.