Соответствующий указ выложен на сайте Кремля.
Ранее Фортов согласился возглавить агентство, которое будет управлять имуществом РАН после реформы.
Незадолго до своего утверждения, 4 июля, Фортов встречался с Путиным для обсуждения законопроекта о реформе государственных академий, который в изначальном виде предусматривал ликвидацию РАН, Российской академии медицинских наук и академии сельскохозяйственных наук и вызвал резкую критику со стороны ученых, в том числе со стороны руководства РАН. В ходе встречи Путин предложил Фортову возглавить не только Академию, но и — на переходный период — специальный федеральный орган исполнительной власти, который будет создан в результате реформы и будет заниматься управлением имуществом госакадемий (его условное название — «Агентство научных институтов РАН»).
По итогам встречи президент РФ предложил ряд поправок к законопроекту о реформе. По мнению Фортова, они позволили добиться компромисса между учеными и авторами документа. В итоге во втором чтении 5 июля законопроект был принят с рядом изменений. В частности, из него было убрано понятие ликвидации (РАН, РАМН и РАСХН будут, в случае принятия документа, объединены в течение трех лет), а научные институты были возвращены в ведение Академии (изначальный вариант предполагал их передачу специальному агентству).
«Ситуация развернулась на 180 градусов. И выглядит она так — прошло два чтения и в этих двух чтениях был фактически разработан и принят совсем другой законопроект, который не предполагает ликвидацию РАН, важные вещи связанные с собственностью принятые. Теперь РАН это не клуб по интересам, а организация для проведения исследований», — прокомментировал Фортов изменение документа с первого чтения ко второму. По его мнению, реформа вышла «в цивилизованное русло».
Владимир Фортов был избран главой РАН 29 мая на заседании Общего собрания Академии. До этого его выдвинули ряд отделений и рекомендовал избрать президиум РАН. Соперниками Фортова были вице-президенты Академии Александр Некипелов и Жорес Алферов. До Фортова РАН в течение 22 лет возглавлял Юрий Осипов.